Un mozaic specific de ecosisteme terestre și acvatice, Gornje Podunavlje este un important centru al diversității biologice. În păduri şi mlaștini sunt habitate ideale atât pentru cerb cât şi pentru stejarul roşu. Apa este habitatul unor specii de plante rare și periclitate cum ar fi Hippuris vulgaris, Hottonia palustris, Ranunculus lingua, nuferi albi și galbeni și Dactyorhiza incarnata. Bogăția diversității biologice indică un grad ridicat de diversitate a tipurilor de vegetație, reprezentate de 51 de comunități de plante, cu peste 1.000 de specii de plante. Regiunea Gornje Podunavlje reprezintă un habitat natural pentru 55 de specii diferite de pești, 11 specii diferite de amfibieni, 9 specii de reptile, 230 specii de păsări şi 51 de specii de mamifere, precum și un număr foarte mare de nevertebrate, inclusiv o fascinantă faună de fluturi cu peste 60 de specii. Pădurile de stejar de mare valoare sunt foarte renumite în regiunea Karapandža, în partea de nord a patrimoniului forestier, estimat a fi de peste 600 de metri cubi pe hectar și sunt printre cele mai bune de acest gen din țară. Stejarul este folosit pentru producerea de semințe extrem de valoroase genetic. Peste 30 de specii de animale se află pe lista preliminară a florei din Serbia ca rarități naturale. Specii de animale de importanță deosebită:

• Vulturul codalb (Haliaetus albicilla) - este cea mai mare pasăre de pradă din Europa Centrală și reprezintă specia a cărei periclitare a luat proporții internaționale. Din cele treizeci de perechi care vieţuiesc în Serbia și Voivodina, o treime se găsesc în zona Rezervaţiei Naturale Speciale "Gornje Podunavlje".

• Barza neagră (Ciconia nigra) - este o specie declarată raritate naturală în Serbia. În zona Rezervaţiei Speciale sunt 20-25 de perechi reproducătoare, care reprezintă un sfert din populația totală din Serbia.

• Cormoranul mare (Phalacrocorax carbo) - este o specie care a dispărut din Serbia în timpul secolului XX. În ultimii cincisprezece ani a existat un progres în re-colonizare și patru colonii s-au întors pentru a se reproduce în această zonă.

• Coloniile de stârci (Ardea sp, Ardeola SP, Nycticorax sp, Egretta sp.) - Conform rezultatelor cartografierii detaliate realizate în anul 1999 s-a constatat că mai multe colonii permanente de stârci trăiesc în Rezervaţia Specială.

• Rațe sălbatice (Anas sp, Aythya sp.) şi gâște (Anser sp.) - Sunt specii care populează zona în principal în timpul iernii și în timpul migrației. În această perioadă, mai multe zeci de mii de exemplare sunt văzute în zonă.