Súčasťou Národného parku Duna – Ipoly sú pohoria Pilis, Vyšehradské vrchy aBörzsöny, nenarušené časti údolia Ipľa a časť ostrova Szentendre.

Podložie pohoria Pilis tiahnuceho sa od Ostrihomu po Budapešť je tvorené vápencom a dolomitom, vďaka čomu sa väčšina z 200 jaskýň Národného parku nachádza práve v tejto oblasti. Jaskyne tu poskytujú vhodné podmienky pre vzácne druhy netopierov.

Sopečné pohoria Vyšehradské vrchy a Börzsöny boli počas poslednej doby ľadovej rozdelené Dunajom, ktorý si pomedzi ne prerazil cestu.

Rastlinstvo Národného Parku je pozoruhodne rozmanité. Je tu možné nájsťporasty od dubiny cez dubovo-hrabové lesy, bukové porasty alebo zalesnené rokliny, až po lužnú vegetáciu kopírujúcu tok rieky. Vo vyšších a chladnejších častiach pohorí je možné vidieť typické dubovo-hrabové lesy, v ktorých sa mieša dub zimný a hrab obyčajný.Keďže hrab rastie kratšiu dobu ako dub, vytvára v týchto porastoch nižšiu hustú stromovú etáž, ktorá výrazne tieni. V takýchto zatienených častiach lesa je menej vyvinutá krovinová etáž a z rastlín sa tu vyskytuje iba niekoľko trvaliek, ako napr. dobre známa snežienka jarná. Tento druh prečkáva celé leto a zimu v zemi v podobe cibuľky.

Krajina v údolí rieky Dunaj je odlišná od tej, ktorú je možné vidieť v pohorí Pilis aBörzsöny. Vodné toky tu sú lemované jelšou lepkavou a v nižších polohách vŕbou krehkou. Prirodzené horské lúky sú charakteristické iba tenkou vrstvou pôdy. Na skalnatých hrebeňoch a strmých južných svahoch sa nachádzajú skalnaté lúky. V častiach s lepšími pôdnymi podmienkami sa vyvinuli lúčne porasty.

Národný park je domovom mnohých viac alebo menej ohrozených živočíšnych druhov.V pohoriach, údoliach ako aj vodných biotopoch chráneného územia sa darí mnohým druhom hmyzu, obojživelníkov, plazov, vtákov aj cicavcov. Hniezdi tu orol kráľovský, sokol rároh, včelárik zlatý a viaceré druhy ďatľov.

Pôsobivým druhom hmyzu je chrobák – fúzač alpský, ktorý je tiež súčasťou loga Národného Parku. Rozšírený je v starých bukových porastoch, ktorých likvidácia významne ohrozuje jeho populáciu.

Našou striktne chránenou mačkovitou šelmou je rys ostrovid, ktorý začiatkom 20. storočia z oblasti takmer úplne vymizol. Za posledných desať rokov je známych iba niekoľko prípadov pozorovania tohto druhu v pohorí Börzsöny. Je to mimoriadne opatrná šelma, citlivá na vyrušovanie človekom.