Djerdap növényvilágát a hajtásos növények mintegy 1100 taxonja (faja illetve alfaja) alkotja.A harmadidőszak-korabeli reliktumfajok, a sóskaborbolya (Berberis vulgaris), a dió (Juglans regia), a borostyán (Hedera helix), a cserszömörce (Cotinus coggygria), a mogyorós hólyagfa (Staphylea pinnata), az orgona (Syringa vulgaris), a déli ostorfa (Celtis australis), a magyal (Ilex aquifolium), a tiszafa (Taxus baccata), a szúrós csodabogyó (Ruscus aculeatus), a lónyelvű csodabogyó (Ruscus hypoglossum), a törökmogyoró (Corylus colurna), a balkáni tölgy (Fagus moesiaca) és a keleti bükk (Fagus orientalis) jelenléte a Djerdap Nemzeti Park területén jól jelzi a területerőteljes reliktum jellegét.

Mielőtt a Dunán völgyzárógátakat és víztározókat építettek volna, a Duna vaskapui részén mintegy 60 halfaj élt. A gátak a vízszint nagymértékű változását, nagy duzzasztott víztereket és a mederfenék alakulásának megváltozását jelentette. Ma a Dunának ezen a részén 58 halfaj él. A legfontosabbak a harcsa (Silurus glanis), a fogassüllő (Stizostedion lucioperca), a kősüllő (Stizostedion volgensis), a dévérkeszeg (Abramis brama), a domolykó (Leuciscus cephalus), a kecsege (Acipenser ruthenus), a márna (Barbus barbus), a lapos keszeg (Abramis ballerus), és néhány további faj.

A Vaskapu vidékén 13 kétéltű faj fordul elő, amelyek a védett kategóriába tartozó zöldbékák kivételével mind fokozottan védett állatok. Néhány faj ezek közül: foltos szalamandra (Salamandra salamandra), pettyes gőte (Lissotriton vulgaris), sárgahasú unka (Bombina variegata), barna varangy (Bufo bufo) levelibéka (Hyla arborea), erdei béka (Rana dalmatina) és mások.

A Djerdap Nemzeti Park területén a 25 ismert szerbiai hüllőfaj közül 14 fordul elő. A nemzeti parkban a teknősök 2, a gyíkok 6, és a kígyók 6 (közülük csak egy mérges) fajának a jelenlétéről tudunk.

A Djerdap vidékén a madarak biodiverzitása igen nagy, aminek eredményeként Fontos Madárélőhely besorolást kapott. A Szerbiában feljegyzett 360 madárfaj közül több mint 270 jelenlétéről tudunk a Djerdap Nemzet Park területén.

Az emlősök Szerbiában élő 98 faja közül is 60 faj jelen van a nemzeti parkban. A fokozottan védett fajok között megtalálható a vízicickány (Neomys fodiens), az erdei cickány (Sorex araneus), a kószapocok (Arvicola amphibius), az erdei pele (Dryomys nitedula), a menyét (Mustela nivalis), a görény (Mustela putorius), a hiúz (Lynx lynx), és 14 denevérfaj.