Flora Đerdapa sastoji se od oko 1 100 taksona (vrsta i podvrsta) kormofita. Postojanje tercijarnih relikta, Berberis vulgaris (žutika), Juglans regia (obični orah), Hedera helix (bršljan), Cotinus coggygria (rujevina), Staphylea pinnata (klokočika), Syringa vulgaris (jorgovan), Celtis australis (košćela), Ilex aquifolium (božikovina), Taxus baccata (tisa), Ruscus aculeatus (bodljikava veprina), Ruscus hypoglossum (mekolisna veprina), Corylus colurna (mečija leska), Fagus moesiaca (balkanska bukva) i Fagus orientalis (kavkaska bukva) na području Nacionalnog parka Đerdap ukazuje na njegove ekstremne reliktne osobine. Pre postavljanja brana i stvaranja rezervoara na području Dunava oko Đerdapa nalazilo se 60 vrsta riba. Postavljanje brana na Dunav uzrokovalo je velike promene u vodostaju, velike žabokrečine i promene reljefa dna. Danas je ovaj deo Dunava naseljen s otprilike 58 vrsta riba. Najvažnije riblje vrste su som (Silurus glanis), smuđ (Stizostedion luciopera), smuđ kamenjar (Stizostedion volgensis), deverika (Abramis brama), klen (Leuciscus cephalus), dugonosa kečiga (Acipenser ruthenus), mrena (Barbus barbus), špicer (Abramis ballerus) i dr.

Područje Đerdapa nastanjuje 13 vrsta vodozemaca koji su strogo zaštićeni, dok zelene žabe spadaju u kategoriju zaštićenih vrsta. Neke od prisutnih vrsta su šareni daždevnjak (Salamandra salamandra), mali vodenjak (Lissotriton vulgaris), žuti mukač (Bombina variegata), smeđa krastača (Bufo bufo), obična gatalinka (Hyla arborea), šumska smeđa žaba (Rana dalmatina) i dr.

Na području Srbije 14 od 25 poznatih vrsta gmizavaca nastanjuje područje Nacionalnog parka Đerdap u kojem je zabeleženo prisustvo dvaju vrsta kornjača, šest vrsta guštera i šest vrsta zmija (od kojih je samo jedna otrovna).

Na području Đerdapa velika je bioraznolikost ptica, zbog čega je to područje klasifikovano kao važno za ptice. Od ukupno 360 zabeleženih vrsta ptica u Srbiji u Nacionalnom parku Đerdap potvrđeno je prisustvo više od 270 vrsta.

Od 98 vrsta sisara zabeleženih na području Srbije oko 60 vrsta je prisutno u Nacionalnom parku Đerdap. Neke od strogo zaštićenih i zaštićenih vrsta su: vodena rovka (Neomys fodiens), šumska rovka (Sorex araneus), šumski puh (Dryomys nitedula), lasica (Mustela nivalis), tvor (Mustela putorius), ris (Lynx lynx) i 14 vrsta šišmiša.