Der 1996 gegründete Donauauen Nationalpark, liegt zwischen den Hauptstädten Wien und Bratislava. Der geplante Bau des Wasserkraftwerks für Hainburg wurde verhindert und stattdessen wurden die Donauauen als Nationalparks ausgewiesen. Mit über 9.300 ha Fläche, schützt der Park das letzte übrig gebliebene Feuchtgebiet in Mitteleuropa. Auf einer Länge von 36km kann die Donau noch frei fließen und ist die Lebensader des Nationalparks.

Hier kann man noch immer die ungezügelte Kraft des Stroms spüren, der einstmals die Macht hatte die umgebende Landschaft zu formen. Überschwemmungen schaffen stets aufs Neue Auen, kreieren neue Wasserkörper, tragen die Erde samt Bäumen und Pflanzen ab und bringen neue, freiliegende Flächen zum Vorschein. Tritt das Wasser wieder zurück, werden die offenen Flächen bald von neuen Pflanzen bewachsen – dies geschieht in einem stetigen Wandel. Aber nur solange die Donau frei fließen kann, wie in diesem Abschnitt, kann ihre Arbeit Erfolg haben.

Der Terminus „Alpiner Wasserlauf“ beschreibt den Charakter der Donau am besten auf ihrem Weg durch Österreich. Das durchschnittliche Gefälle beträgt 40cm pro Kilometer und die Geschwindigkeit liegt zwischen 1 und 3 Metern pro Sekunde. Durch die Schneeschmelze in den Bergen gibt es ab dem späten Frühjahr bis zur Mitte des Sommers hohe Wasserstände. Niederschläge können zudem ganzjährig hohe Wasserpegel bewirken. Zurzeit wird die Qualität des Wassers in dem Nationalpark in die Güteklasse II eingestuft. Für Wildtiere und Vegetation ist das Donautal ein Wanderpfad entlang der Ost-West-Achse.

Sogar hier im Nationalpark ist der Fluss mittlerweile von menschlichem Handeln betroffen. Die Hauptregulierungsarbeiten zwangen die Donau, einst ein Fluss mit vielen Verzweigungen, in ein festgelegtes Bett und schnitten die meisten Seitenarme ab. Langgestreckte Ufer wurden mit Beton und Steinen befestigt. Als eine internationale Wasserstraße wurde die Donau für die Schifffahrt mit Bauwerken und der Gestaltung als Schiffskanal optimiert. Viele dieser Eingriffe sind inzwischen Schritt für Schritt rückgängig gemacht worden. Von innovativen Maßnahmen des Wasserbaus, wie die Wiederanbindung von Seitenarmen und der Entfernung von starren, befestigten Ufern, wurde Gebrauch gemacht, um natürlichere Zustände wiederherzustellen.

Der Fluss und seine Ufer bieten ideale Habitate für seltene Fische, welche in den Strömungen gedeihen, und für unzählige Vögel, die kiesige Untergründe zum Brüten bevorzugen, wie etwa der Flussuferläufer und der Flussregenpfeifer, aber auch dem Seeadler. Auch diverse Pionierpflanzen und Weiden wachsen auf den Kiesbänken.

Die ökologisch wertvollsten Standorte der Donau sind die Mündungen von Flussarmen, Flussufern in ihrem natürlichen Zustand und seichte Wasserzonen.